Siglo XIX: guerras y abandono
En 1811 la fortaleza fue ocupada por los patriotas, pero poco después invadida por los portugueses. Este episodio marcó el primer eslabón del Éxodo Oriental.
Entre 1825 y 1828, durante la Cruzada Libertadora, el coronel Leonardo Olivera protagonizó acciones destacadas contra las fuerzas imperiales brasileñas en la zona.
Durante las presidencias de Rivera y Oribe (1830–1843), Santa Teresa funcionó como atalaya en la frontera, vigilando los movimientos militares.
En 1895 la fortaleza fue utilizada como presidio, lo que deterioró aún más sus estructuras.
Hacia fines del siglo XIX quedó prácticamente abandonada, con saqueo de piedras y el avance de las dunas que amenazaban con sepultarla.